Ze strony północnej  do prezbiterium przylega zakrystia, najstarsza część kościoła. Nie  jest wykluczone, że zakrystia (piętrowa) była   pierwotnie kaplicą klasztorną.  Przybyli w 1239 r. do Torunia  Franciszkanie  mieli najpierw kościółek drewniany, a około 1270 roku. przystąpili do murowania  klasztoru i kaplicy. O tym, że obecna zakrystia była kaplicą świadczą: sklepienia gwiaździste, z rozetami w postaci głów, herbów i róży, zachowane malowidła ścienne i krzyże konsekracyjne.

Nad zakrystią jest dawny skarbiec.

 Relikty pierwszej  budowli w postaci fragmentów prosto zakończonego prezbiterium oraz fragmenty murów poligonalnego zakończenia prezbiterium datowanego na 2 połowę XIII wieku zostały odkryte pod posadzką obecnego prezbiterium w trakcie badań archeologicznych.